Individual-bsed analysis and prediction of the fate of plasmids in spatially structured bacterial populations

Jose Miguel Seoane

    Research output: Book/ReportPh.D. thesis

    297 Downloads (Pure)

    Abstract

    Konjugativ plasmidoverførsel er en nøgleproces i evolution og hurtig tilvænning af prokaryoter til forandringer i deres miljø, da disse bevægelige genetiske elementer kan overføre tilpassede egenskaber til deres vært, såsom modstandsdygtighed mod antibiotika og/eller forhøjet evne til biologisk nedbrydning. I denne afhandling er der udviklet nye metoder til estimering af de væsentligste parametre til beskrivelse af konjugativ plasmidoverførsel på individuelt celleniveau. Desuden er anvendeligheden af individuelt baserede modeller til undersøgelse af plasmid populationsdynamik i bakteriepopulationer, der vokser på faste overflader, blevet undersøgt. Vi udvidede en eksisterende individuel-baseret model af mikrobiel vækst, så den inkluderede dynamikken af tilstedeværelsen af plasmider i, og transport fra, individuelle celler. Ved at integrere parameterestimaterne uddraget fra forudgående eksperimentelt arbejde kunne vi forudsige graden af plasmidinvasionen i bakterielle mikrokolonier samt det rummelige plasmidinvasionsmønster og andre makroskopiske aspekter som f.eks. kolonimorfologi. Modellen blev brugt til at undersøge, hvorfor pWW0 plasmider ikke fuldt ud kan invadere tætpakkede bakteriestrukturer som mikrokolonier og biofilm.
    Original languageEnglish
    Place of PublicationKgs. Lyngby, Denmark
    PublisherTechnical University of Denmark
    ISBN (Print)978-87-92654-15-1
    Publication statusPublished - Dec 2010

    Cite this