Flowcytometri i mikroapparater har hidtil været begrænset til celler og partikler med en størrelse på flere mikrometer. Men ved at forbedre følsomheden af disse apparater, såaledes at partikler i (og under) det lave mikrometer område kan påvises, kan det blive muligt at anvende integrerede mikro flowcytometre som sensor i forskellige bio-kemiske lab-On-a-Chip (LOC) enheder. Denne afhandling præsenterer den teori der vedrører on-chip flowcytometri og beskriver eksperimenter udført med anordninger beregnet til at flytte detektionsgrænsen længere mod submikrometer partikler. Under dette arbejde, var det nødvendigt at udvikle LabVIEW programmet "RayLab" for at kunne simulere den optiske opførsel af forskellige bølgeleder og mikrolinse konfigurationer. Det første vellykkede eksperiment blev lavet med en mikrofluid enhed bestående af et glas substrat med et SU-8 og et polydimethylsiloxan (PDMS) lag. Enheden indeholdt integrerede mikrooptiske elementer og en to-lags mikrokanal struktur. Med denne kanal struktur var det muligt at opnå on-chip tre-dimensionel (3D) hydrodynamisk fokusering over et bredt spektrum af Reynolds tal (0,5