Anne Haxthausen er ekspert i matematiske metoder og sprog til software udvikling. Hendes forskning bidrager med forbedrede metoder til at udvikle sikkert og pålideligt software. Hun var en af nøglepersonerne i flere EU projekter (Esprit projekterne RAISE, LaCoS, CoFI, FMERail), hvor hun var med til at designe adskillige modelleringssprog og softwareudviklings-metoder, samt anvende disse. Igennem de seneste år har hun især fokuseret på udvikling og verifikation af jernbanestyresystemer og har i samarbejde med Bremen Universitet kørt en række projekter for de danske og tyske baner. Dette har ledt til nye, specialiserede metoder til dette anvendelsesområde.
Anne Haxthausen er lektor i software udvikling ved Informatik og Matematisk Modellering (IMM). Hun er uddannet som civilingeniør i anvendt matematik på DTU i 1985 og tog licentiatgraden i datalogi ved Datateknisk Institut på DTU i 1989.
Anne Haxthausen var derefter ansat i dansk industri i perioden 1988-1994, først ved Dansk Datamatik Center og siden i Computer Resources International. I 1995 vendte hun tilbage til DTU som adjunkt og har været lektor her siden 1997, først på Institut for Informationsteknologi, siden på IMM. Sideløbende har hun desuden været tildelt gæsteprofessorater ved et japansk forskningslaboratorium i 1993 og ved Universite Paris i 2005.
Hun har publiceret mere end 37 videnskabelige artikler og er medforfatter til fire bøger. Hun blev tildelt Lektor Marie Løngaards rejselegat på (115.000 kr) i 1998 og United States Information Agency tildelte hende en tre ugers rundrejse at besøge forskningsinstitutioner i USA i 1999.